Beneficjent ma obowiązek prowadzić dla każdego projektu odrębną ewidencję księgową (odrębny system księgowy albo odpowiedni kod księgowy dla wszystkich transakcji związanych z realizacją projektu):
Odpowiedni (wyodrębniony) kod księgowy oznacza odpowiedni symbol, numer, wyróżnik stosowany przy rejestracji, ewidencji i oznaczeniu dokumentu, który umożliwia sporządzanie zestawień w określonym przedziale czasowym ujmujących wszystkie operacje związane z projektem oraz obejmujących co najmniej następujący zakres danych:
- numer dokumentu źródłowego,
- numer ewidencyjny lub księgowy dokumentu,
- datę wystawienia dokumentu,
- kwotę brutto,
- kwotę netto.
- Beneficjenci niezobowiązani do prowadzenia jakiejkolwiek ewidencji księgowej na podstawie obowiązujących przepisów, zobowiązani są do prowadzenia wykazu – ewidencji dokumentów dotyczących operacji związanych z realizacją projektu.
- Beneficjenci prowadzący uproszczoną księgowość zobowiązani są do prowadzenia na podstawie książki przychodów i rozchodów wyodrębnionej ewidencji księgowej w postaci zestawienia wydatków związanych z projektem (zestawienie musi zawierać następujące pozycje: datę zaksięgowania, przychód, wydatek, pozycję z książki przychodów i rozchodów). Beneficjenci mogą prowadzić zestawienie w formie papierowej lub techniką komputerową w postaci arkusza kalkulacyjnego.
Beneficjenci prowadzący pełną księgowość i sporządzający sprawozdania finansowe zobowiązani są do prowadzenia odrębnej ewidencji księgowej w ramach już prowadzonych ksiąg rachunkowych. Odrębny system ewidencji księgowej powinien umożliwiać sporządzanie sprawozdań i kontrolę wykorzystania środków w ramach RPO WL poprzez wprowadzenie odrębnych kont syntetycznych, analitycznych i pozabilansowych.
Wzór ewidencji księgowej dla beneficjentów prowadzących uproszczoną księgowość 
